进入21世纪，随着帕克和吉诺比利等名将的加盟，马刺逐渐成为联盟中实力最强的球队。2003年，马刺再夺总冠军,邓肯获总决赛mvp!2005年，马刺在邓肯、帕克和吉诺比利的率领下，决赛和活塞队经典的七场大战再夺总冠军，邓肯获总决赛mvp。2007年，马刺在总决赛横扫骑士，夺取了九年中第四座总冠军奖杯，正式标志着“马刺王朝”的诞生。2009年，马刺签下古登，梅森等强援，用鲍文等三将换来理查德・杰弗森，重回争夺总冠军的行列，但最后此次引援以失败告终。09-10季后赛马刺上演黑七，淘汰掉小牛，但最后以0：4被太阳淘汰。
