《神秘代码》主要讲述身为教师的主人公，在儿子就读的学校里发现了一个来自过去的时间囊，时间囊中有一些图画文件之类的东西，上面写着对未来世界的预言。最可怕的是它预言地球即将毁灭，主人公被迫在有限的时间内采取行动，以阻止预言的实现。这部引人瞩目的超自然惊悚片刻画出这个男人在面临周围的混乱，对于宇宙最终秩序的信仰抱有怀疑。在已故的神秘预言作家的女儿戴安娜・韦兰德和孙女阿比・韦兰德的帮助之下，约翰不顾一切地与时间展开惊魂落魄的亡命赛跑，直至最后留给他的是最终的灾难和最终的牺牲。而迦勒和阿比等地球各地的许多孩子也在神秘黑衣人也就是善良友好的外星人的帮助下，逃离灾难，在新的地域开始人类新的文明。
