由于一百年后地球出现可怕的玛尔帕司病毒，人口已经减少九成以上，因此剩余的人类使用时空转移装置到当代避难。莲美台学园就是这群逃难者所建立的避难所，而结老师则是时空转移装置的发明者。直树12岁时，因为时空转移装置发生问题，当时在野餐的直树父母下落不明，直树则是一分为二，另一个分身则是掉到一百年后，由美琴的父母收为养子，取名为佑介。两人共同特征都是记忆全失，但佑介却不幸遭受玛尔帕司乙种病毒感染。(玛尔帕司病毒分两种，甲种会散布且迅速发作，乙种则不会散布且为逐步发作)由于恭子老师是玛尔帕司病毒疫苗的制作者，所以佑介回到当代，也因此和直树相遇。但经由时空转移装置重新运作之后，直树和佑介融合成功，也恢复过去的记忆。
