《潘朵拉之心》的故事起始，其实要追溯到画面时间的一百年前，那个惨绝人寰的萨布里耶的灭城之夜，所有的因果，全部的人物恩怨，都是由因一夜而起。不过这个故事的叙述时间，则是由昔日曾共同对抗巴斯卡比维尔子民，并取得了最终胜利的四大公爵家中，处于领袖地位的贝萨流士家下一任家主奥兹・贝萨流士的**仪式开始。在这个仪式上，被奥兹视为挚友的侍从基尔巴特被控制，用奥兹的鲜血打开了前往关押重罪者的监狱“阿比斯”(另有译作“阿嵬茨”)的通道，在这个脱离了时空的监牢中，奥兹在生死关头，正式邂逅了出现在他梦中，最终改变了他一生命运的少女艾莉丝，灵体的称号是“染血黑兔”(又名B-Rabbit)，拥有极强的战斗力，艾莉丝与奥兹缔结了非法的灵体契约，帮助奥兹从阿比斯回到了现实世界。
