《生化危机：暗黑编年史》剧情主线延续《生化危机：安布雷拉编年史》中没有提到的《生化危机2》和《生化危机：代号维罗妮卡》，这两部作品中都有里昂以及克莱尔登场，而这些内容将会是本作的主线。舞台设定为1998年9月29日的莱肯市，也就是与《生化危机2》相同的时间和地点，主人公当然也就是《生化危机2》代主角利昂与克莱尔。虽然同样是发生在《生化危机2》的舞台中，但是本作的故事将涉及到目前从未有公开过的《生化危机2》的“黑暗”一面;在”生化危机代号维罗妮卡“剧情则基本是没有多大变化，全当是把维罗妮卡复刻了一次，克莱尔将和史蒂夫以全新面孔登场;而在完全原创的”生化危机南美篇“中，利昂和搭档克劳萨将共同调查南美某村庄的人员失踪事件，发现事情真相后共同战斗，并去解救叫”玛奴拉“的神秘女子，《南美篇》之所以受到关注，一方面是因为完全原创的内容，但很大程度上还是因为”克劳萨"和"利昂"的关系，因为大家都知道在“生化危机4”中利昂和克劳萨已经是敌人了，那么昔日的战友是如何反目为敌就成了“南美篇”所主要交代的任务了，南美篇的故事就发生在“生化危机4”之前，特别描写刻画了克劳萨的内心变化过程，系列大反派人物“威斯克”也将惊鸿一瞥的出现在剧情中。
