延续前一集的剧情，狮子亚历克斯(本・斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯・洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫・休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达・萍克・史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活*性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为*性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
