延续前一集的剧情，狮子亚历克斯(本・斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯・洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫・休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达・萍克・史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活*性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为*性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
爱之夏 summer of love故事当中拿它来作为阿德洛克与优莱卡两人第一次穿越伟大之壁失败所引发的那场巨大灾难。动画最后的高潮部分，是由杜伊上校发动的“第二次爱之夏”(second summer of love)关于爱之夏：1967年1月14日，一些青少年学生首次在旧金山的金门公园聚会，他们反对暴力、主张仁爱和提倡和*，他们尽情表达自己的主张，当然也包括采用音乐的形式，这种松散的聚会一直延续了下来，后来形成了波及全世界的“嬉皮运动”。“甲壳虫”乐队的乔治・哈瑞森曾在这年夏天到访过这里，他描述说：“那里的孩子衣着整洁态度友善，我还应邀弹奏了甲壳虫的歌曲《你是个富翁》(Baby，You’reARichMan)。” 这一年的夏天，被称为“爱之夏”。关于第二次爱之夏：HOUSE 就像是 70 年代的 DISCO 音乐 为 NEW SCHOOL 舞蹈的一部份，大约是在1988 年开始引爆，英国人称之为第二次「爱之夏」( 指迷幻与反战文化的高峰：WOODSTOCK 音乐节 ) 精神的延续与发扬光大。HIP HOP 的音乐大部分是美国黑人在听，但 HOUSE 的音乐却是被各式各样不同种族的人所喜爱著。
